Indici utili (li ho trovati in giro per il web per vers 3+):
CREATE INDEX autoload ON wp_options (autoload);
CREATE INDEX post_date ON wp_posts (post_date);
CREATE INDEX post_date_gmt ON wp_posts (post_date_gmt);
CREATE INDEX parent ON wp_term_taxonomy (parent);
Se volete comunicarne altri siete ben accetti.
Per ottimizzare le tabelle basta usare wp-optimize una volta al mese (in base anche al sito).